Serrigny liegt etwa 32 Kilometer ostnordöstlich von Auxerre. Umgeben wird Serrigny von den Nachbargemeinden Tissey im Norden und Nordwesten, Tonnerre im Norden und Osten, Viviers im Süden, Béru im Süden und Südwesten, Fleys im Südwesten sowie Collan im Westen.