Der Scottish FA Cup wurde 1899/1900 zum 27. Mal ausgespielt. Der wichtigste schottische Fußball-Pokalwettbewerb, der vom Schottischen Fußballverband geleitet wurde, begann am 13. Januar 1900 und endete mit dem Finale am 14. Mai 1900 im Glasgower Ibrox Park. Der Vorjahressieger Celtic Glasgow konnte den Wettbewerb durch einen 4:3-Sieg im diesjährigen Endspiel gegen den FC Queen’s Park erfolgreich verteidigen. Es war zugleich der dritte Pokalerfolg in der Klubgeschichte.