Der Schäferbach entspringt im Hochwasserentstehungsgebiet des Harzes in der Nähe des Heimbergs in einer Quellmulde, wie sie für den Unterharz typisch ist. Sie liegt ungefähr in der Mitte des Dreiecks aus dem Mittelberg, dem Fleischberg und dem Fitzgeroder Heimberg.
Etwa auf der halben Länge des Laufes erreicht die Bachaue mit ca. 200 m ihre größte Breite. Ab hier durchfließt der Bach die Schäferwiesen.
Etwa dort misst in einem offenen Trapezgerinne bei Hochwasser ein Drucksensor den Wasserstand und ein Doppler-Ultraschallsensor die Geschwindigkeit. An Fließkilometer 1,755 steht ein 60°-Überfallwehr (Thompson-Wehr).
Im Unterlauf gibt es eine unterirdische Staumauer. Der insgesamt 2180 m lange Bach mündet auf einer Höhe von 393 m ü. NN von rechts in den Mittellauf des Uhlenbach, kurz nachdem dieser im Brachmannsberger Teich den Großen Uhlenbach aufgenommen hat.
Hydrologische Situation
Am Oberlauf des Schäferbaches wurden 1972 insgesamt 21 Drainagen angelegt. Bereits der Feldblock der Quellmulde wird so in den Schäferbach entwässert. Seit 1974 führten Bergbautätigkeiten (Erschließung einer Flussspatlagerstätte) zu einer lokalen Absenkung des Grundwasserspiegels. Der natürliche Wasserfluss mit Boden-Feuchtigkeitszunahme endete damit. Seitdem gibt es trockene Perioden und episodisch plötzliche Sturzfluten, was die chemische und biologische Wasserqualität sehr beeinträchtigte.
Im Zuge des sicheren Haltens am Ende der Bergwerkstätigkeit stieg das Grundwasserniveau wieder und erreichte 1999 einen neuen stabilen Stand, der aber vom ursprünglichen Zustand verschieden ist. Der Schäferbach fällt in niederschlagsarmen Perioden zeitweise trocken, bei Hochwasser werden dagegen 20 m entfernte Wiesen regelmäßig überschwemmt.
Anwendung des Modells ANIMO zur Simulation des gelösten Phosphors im Oberflächenabfluss auf der Feldskala und der Phosphorverfügbarkeit im Oberboden auf der Einzugsgebietsskala - Dissertation, Irina Kistner (Online-Version)
Berechnung von Schneeschmelze und Wintererosion im Kleineinzugsgebiet „Schäfertal“ mit dem Modell Erosion 3D/Winter Version - Studienarbeit, Heiko Fritz (Online-Version; PDF; 3,6 MB)
Infiltration in teilweise gefrorene Böden - Diplomarbeit, Heiko Fritz (Online-Version; PDF; 5,6 MB)
Erfassung und Modellierung der Schneeschmelzerosion am Beispiel der Kleineinzugsgebiete Schäfertal (Deutschland) und Lubazhinkha (Russland) - Habilitationsschrift, Gregor Ollesch (online; PDF; 7,9 MB)
Untersuchung des bodeninneren Abflusses in einer Mittelgebirgsregion am Beispiel des Schäfertals (online (Memento vom 23. Mai 2006 im Internet Archive))