Der Schaffelberggraben entspringt zwischen Schaffelberg und Latschenköpfel auf einer Höhe von etwa 1200 m ü. NHN[1] und verläuft ungefähr nach Südwesten. Etwa 150 Meter südlich der Bärenhöhle erreicht der Bach den Talgrund, unterquert die Bundesstraße 23 und mündet nach etwa 100 Metern auf einer Höhe von 838 m ü. NHN von rechts in den von der Ettaler Mühle kommenden Mühlbach[2], der dann selbst weniger als 100 Meter weiter von rechts in die Ammer einfließt.
