Anschließend war Rui Manuel Sousa Valério als Seelsorger in der PfarreiCastelverde di Lunghezza in Rom tätig, bevor er 1992 Militärkaplan am Marinekrankenhaus in Lissabon wurde. 1993 wurde er Pfarrvikar in Castro Verde und 2001 zudem Superior der dortigen Niederlassung der Montfortaner. Von 2007 bis 2011 war Rui Manuel Sousa Valério Pfarrvikar in Póvoa de Santo Adrião und Ausbilder der Postulanten der Montfortaner in Lissabon. Ab 2008 war er zusätzlich Militärkaplan der Marineakademie in Alfaiates. Rui Manuel Sousa Valério wurde 2011 Pfarrer in Póvoa de Santo Adrião und 2014 Dekan des DekanatsLoures-Odivelas.
Papst Franziskus ernannte ihn am 10. August 2023 als Nachfolger des gleichzeitig zurückgetretenen Manuel Kardinal Clemente zum Patriarchen von Lissabon.[3] Die Amtseinführung fand am 2. September desselben Jahres statt.[4]