Im Mai 1946 wurde der Flugbetrieb wieder aufgenommen. In den durch kommunistische Guerillas geprägten unruhigen folgenden Jahren im Rahmen der malayischen Unabhängigkeitsbestrebungen waren auf RAF Butterworth verschiedenste Einheiten der Luftstreitkräfte des britischen Mutterlandes sowie Australiens und Neuseelands stationiert. Hinzu kamen immer wieder Staffeln der RAF Stützpunkte in Singapur, die Butterworth als vorgeschobene Einsatzbasis benutzten.
Im Rahmen des Five Power Defence Arrangements (FPDA) kommt es noch heute alle paar Jahre zu Verlegungen von RAF Flugzeugen, die an gemeinsamen Manövern mit den übrigen Signatarstaaten teilnehmen.
RAAF Butterworth
Nachdem im Jahr 1957 die Kontrolle von der RAF an die RAAF übertragen wurde, stationierte Australien zur Zeit des Kalten Krieges eine Reihe von Bomber- und Jagdstaffeln. Die mit CAC Sabre ausgerüsteten 3. Squadron und 77. Squadron kamen auch während der Konfrontasi, einem Konflikt zwischen Malaysia und Indonesien in den 1960er-Jahren, zum Einsatz. Ab August 1964 kam es zu Abfangeinsätzen gegen anfliegende indonesische MiG-21 Abfangjäger. Da es zu keinen Grenzüberflügen kam, konnte eine weitere Eskalation verhindert werden. Erwähnenswert ist noch die Stationierung von Dassault Mirage III der 75. Squadron zwischen 1968 und 1983.
Heute ist die Australian Defence Force weiterhin im Rahmen des oben erwähnten Five Power Defence Arrangements (FPDA) mit einigen Unterstützungseinheiten und einem Detachment von LockheedAP-3C Orion Aufklärern, die normalerweise in RAAF Base Edinburgh beheimatet sind. Die Australian Army unterhält auf der Basis zu Übungszwecken darüber hinaus eine Infanteriekompanie. Im Rahmen dieser Vereinbarung kommt es auch immer wieder zu zeitweiligen Verlegungen von Kampfflugzeugen, siehe hierzu im folgenden Abschnitt.
RMAF Butterworth
Am 30. Juni 1988 übernahm die RMAF das Kommando über den Stützpunkt. Im Rahmen des Five Power Defence Arrangements finden nach wie vor regelmäßig Übungen unter Namen wie Bersama Lima oder Bersama Shield statt, oft auch unter Beteiligung der RAF, die seit langem keine fliegenden Einheiten mehr in Fernost stationiert hat. Im Jahre 2011 jährte sich diese Übung zum vierzigsten Mal, die RAF nahm in jenem Jahr erstmals mit Eurofighter Typhoon an dem Manöver teil.
Die Regierung des Bundesstaates Penang hat eine zivile Mitbenutzung bei der Regierung Malaysias beantragt. Ziel ist die Schließung des derzeitigen zivilen Flughafens auf der beengten Insel Penang.