Nach dem Studium in Mainz trat er in den Franziskanerorden ein (Ordensnamen Venantius) und blieb bis 1790 in dessen Niederlassung zu Münster. Schon dort nahm er archivarische Aufgaben wahr und betrieb historische Studien. In der Folge wurde er gebeten, verschiedene Westfälische Adelsarchive durchzusehen und erstmals zu ordnen. Auch die Archive der Domkapitel von Münster und Paderborn, und der Beginn der Bearbeitung des kurkölnischen Archivs lagen in seinen Händen.
Nach dem mit päpstlicher Zustimmung erfolgten Austritt aus den Orden wurde er der letzte Archivar der Stifte Essen und Corvey.
Anfang des 19. Jahrhunderts wurde er Pfarrer in seiner Heimatstadt, um schon sehr bald kurzzeitig Archivar Wilhelms von Oranien, des Fürsten von Fulda, zu werden.
Mit einer Pension bedacht, zog er nach Mainz, wo er 1819 starb.
Werke
Als Vater der münsterländischen Geschichtsforschung widmete er sich überwiegend den Quellen dieser Region.
Münsterische Beiträge, 3 Bde., mit vielen Urkunden, 1787–1793: Digitalisat
Nähere Nachrichten vom ältesten Gebrauche der Siegeloblaten und des Siegellacks in dem 16ten und 17ten Jahrhunderte. Ein Beytrag zur Geschichte der Diplomatik und der nützlichen Erfindungen.., Dortmund & Essen 1799 (in: Kindlinger, Nikolaus: Vermischte Aufsätze)
Geschichte der Familie und Herrschaft Volmestein, 2 Bde., Osnabrück 1801
Sammlung merkwürdiger Nachrichten und Urkunden für die Geschichte Deutschlandes, Leipzig 1806[2]
Geschichte der deutschen Hörigkeit, 1819[3] Nachdruck Aalen 1968
Katalog und Nachrichten von der ehemaligen aus lauter Handschriften bestandenen Bibliothek in Fulda, Leipzig 1819[4]
Minoriten – Münsterische Beiträge zur Geschichte Deutschlandes, hauptsächlich Westfalens, Münster[5]
Nachrichten und Urkunden von dem Geschlecht der Edlen von dem Stein genannt[6]
Verzeichniß der Bücher und Manuscripte aus der Sammlung Nicolaus Kindlinger. Dortmund : Blothe & Comp, 1803, 70 S.
Nachlass
Staatsarchiv Münster, Urkundenabschriften von Johann Nikolaus Kindlinger, um 1770–1800, Handschrift, gebunden, ca. 35 × 22 cm, NW Msc. II Bd. 1 bis 2, 4–9, 11–13, 15, 17–20, Bd. 30, 36, 43–44 (20 Bände)
Gerhard Pfeiffer, Nikolaus Kindlinger. In: Westfälische Lebensbilder V, S. 66–81
Walter Gockeln, Johannes Nikolaus Kindlinger. Sammler, Archivar und Historiograph in der Nachfolge Justus Mösers, in: Westfälische Zeitschrift 120, 1970, S. 11
F. Schmidt, Kindlinger als Essener Stifts-Archivar (1794–1802). In: Beiträge zur Geschichte von Stadt und Stift Essen 46, 1927, S. 197–232.
Helmut Müller: Nikolaus Kindlinger, Archivar des Stiftes Essen. Nach seinen autobiographischen Aufzeichnungen. In: Das Münster am Hellweg 24. Jahrgang, 1971, S. 117–138
