Die Mensa entspringt an der Nordflanke des Chentii-Gebirges im mongolischen Töw-Aimag. Sie fließt in nordöstlicher Richtung nach Transbaikalien, wendet sich dort dann im Unterlauf nach Nordwesten und mündet nach 337 km in den nach Westen fließenden Selenga-Nebenfluss Tschikoi. Die Mensa entwässert ein Areal von 13.800 km². 12 km oberhalb der Mündung beträgt der mittlere Abfluss (MQ) 89,9 m³/s. Ein wichtiger Nebenfluss der Mensa ist der Burkal (Буркал).