Diese Liste ist nach Einzugsgebiet geordnet, wobei die jeweiligen Nebenflüsse unter den Namen der größeren Flüsse in umgekehrter Mündungsreihenfolge eingerückt sind. Ruanda entwässert in zwei große Einzugsgebiete. Die Landesfläche teilt sich zu zwei Drittel in das Nil-Einzugsgebiet und zu einem Drittel in das Kongo-Einzugsgebiet auf.[1]
Das westliche Drittel Ruandas wird hauptsächlich von einer Gebirgskette im Osten des westlichen ostafrikanischen Grabens eingenommen. Flüsse entwässern die Westseite dieses Gebirgszuges über den Ruzizi in das Kongo-Flussgebiet und münden schließlich in den Atlantischen Ozean. Die wichtigsten Flüsse in Ruanda, die das Einzugsgebiet des Kongo speisen, sind der Sebeya, Koko, Ruhwa, Rubyiro und Ruzizi.[1]
84 % Ruandas liegt östlich der Kongo-Nil-Wasserscheide und entwässert in das Nilbecken.[2] Der wichtigste Fluss ist der Kagera-Nil. Weitere Flüsse sind Mwogo, Rukarara, Mukungwa, Base, Nyabarongo und der Akanyaru.[1]
Der Nyabarongo wird in den meisten Quellen Akagera (oder Kagera) genannt, nachdem er den Rugwero-See verlassen hat.