Die Kleine Gusen wird hauptsächlich von Bachforellen und deren typischen Begleitfischen bewohnt und ist weitgehend unverbaut. Als Tal der Kleinen Gusen ist das Gewässer und die begleitenden Wiesen und Wälder (Schwarzerlen-Eschenwälder, vereinzelt naturnahe Eichen-Hainbuchen-Hangwälder) seit 2012 in die Liste der Natura-2000-Schutzgebiete eingetragen (EuropaschutzgebietAT3108000/NN08),[4][5]
insgesamt ist eine Fläche von 346,00 Hektar geschützt.[6]
Außerdem sind 30,50 ha[7]
schon seit 2000 Landschaftsschutzgebiet (LSG07).[8]
Zwischen Unterweitersdorf und Neumarkt führte früher die Trasse der Pferdeeisenbahn Budweis–Linz–Gmunden entlang der Kleinen Gusen, von der noch einige Gebäude, Brücken und Schwellensteine erhalten sind. Heute führt entlang der Trasse der Pferdeeisenbahn-Wanderweg.
In den 1970er Jahren war auch die Führung der Mühlkreis Autobahn (A7) durch das Tal geplant, wurde jedoch wegen ökologischer und hydrologischer Gründe verworfen.
↑Amt der oberösterreichischen Landesregierung (Hrsg.): Kleine Gusen, Große Gusen und Gusen. Untersuchungen zur Gewässergüte, Stand 1992–1995. Gewässerschutz Bericht 13/1996, Linz 1996 (zobodat.at [PDF; 221,4 MB]).