Zum Kirchenkreis Jena gehören 69 Kirchenbauten in 51 Kirchengemeinden. Diese Kirchengemeinden werden von insgesamt 15 Pastorinnen und Pastoren betreut. Aus organisatorischen Gründen sind einige Kirchengemeinden in Kirchengemeindenverbänden zusammengefasst. Die Kirchengemeinden und Kirchengemeindenverbände sind geographisch in Regionen geordnet. Zentraler Ort des Kirchenkreises Jena ist die Stadtkirche St. Michael. Das reiche kirchenmusikalische Leben wird mit Kirchenmusikerinnen und Kirchenmusikern im Haupt- und Nebenamt und auch ehrenamtlich geprägt.[2]
Die Struktur und Gliederung des Kirchenkreises hat in den vergangenen Jahren, Jahrzehnten und Jahrhunderten viele Veränderungen erfahren.
Bis zur Reformation gehörte das Gebiet westlich der Saale zum Erzbistum Mainz, das östlich der Saale zum Erzbistum Magdeburg. Nach der Reformation bildete die Stadt und das Umland von Jena innerhalb der Ernestinischen Herzogtümer einen eigenen kirchlichen Aufsichtsbezirk, dessen Zuschnitt von den jeweiligen territorialen Veränderungen abhing. Im Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach hatte die Diözese Jena, wie sie damals genannt wurde, 1827 schon weitgehend dieselbe Ausdehnung wie heute. Nur Großlöbichau, Kunitz, Döbritschen und Lichtenhain kamen später hinzu; dafür wurden einige Gemeinden an die Nachbardiözesen Dornburg und Bürgel (heute aufgegangen im Kirchenkreis Eisenberg) abgegeben.[3]
1913, endgültig 1915 wurde die Diözese geteilt in den Kirchenkreis Stadt Jena und den Kirchenkreis Lobeda (später Jena-Land). Während der Zeit der DDR wurden beide wieder vereinigt.
In den vergangenen Jahrzehnten sind die Kirchengemeinden des Jenaer Umlandes untereinander und teilweise auch mit denen der Stadt Jena fusioniert. Dabei sind gemeinsame Kirchengemeindeverbünde geschaffen worden. Die Struktureinheit eines „Sprengels“ bezeichnet innerhalb des Kirchenkreises Jena eine organisatorische Untereinheit – im Gegensatz zum sonst üblichen Gebrauch (Sprengel (evangelisch)), wie z. B. „Propstsprengel“. Weiterhin wird der Begriff eines „Seelsorgebezirks“ innerhalb des Kirchenkreises verwendet.
Die katholische Pfarrkirche St. Johannes Baptist stammt aus dem 9. Jahrhundert und ist die älteste Kirche der Stadt Jena. Ihr zugeordnet war ursprünglich der historische Johannisfriedhof, auf dessen Territorium sich heute die evangelische Friedenskirche befindet.
Gerhard Jahreis, Franz von Falkenhausen, Sebastian Neuß, Günter Widiger: Gotteshäuser im Kirchenkreis Jena. Historie – Innenausstattung – Restaurierung. Hrsg.: Jenaer Kirchbauverein e. V. Jena 2021, ISBN 978-3-00-068797-6 (Inhaltsverzeichnis).