Das Quellgebiet des Kysylsuu bzw. Kirzlesu liegt an der Nordflanke der Transalai-Kette in Kirgisistan. Der Fluss verläuft von dort ostwärts und passiert die nach ihm benannte Stadt Kaxgar in der zugehörigen Oase, der größten in China, und den Regierungsbezirk Kaxgar. Erst unterhalb der Großstadt Kaxgar heißt der Fluss »Kaxgar«. Er verläuft dann im Nordwesten der Wüste Taklamakan im nach dem Tarim benannten Tarimbecken bis zu seinem Zusammenfluss mit dem Yarkant südlich von Aksu.