Von seinem Vater Nikolaus Joseph von Jacquin wurde er schon sehr früh in die Naturwissenschaften eingeführt. Er studierte Medizin in Wien, wo er 1788 den Doktortitel erlangte. Zwischen 1788 und 1791 unternahm er, von Kaiser Joseph II. beauftragt, eine Forschungsreise nach Deutschland, Frankreich und England. Er ererbte – wie damals landesüblich – seines Vaters Lehrstuhl als Professor der Botanik und Chemie an der Wiener Universität, den er von 1797 bis zu seiner Pensionierung im Jahre 1838 innehatte. 1834 übertrug ihm Kaiser Franz die Aufsicht über den für die österreichische Flora gegründeten Kaisergarten im Schloss Belvedere. 1820 wurde er mit dem Titel eines Regierungsrates, 1838 mit dem Ritterkreuz des St. Stephan-Ordens geehrt. Seit 1808 war er korrespondierendes Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. Im Jahr 1820 wurde er zum Mitglied der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina gewählt.[1] 1830 wurde er Ehrenmitglied der Preußischen Akademie der Wissenschaften.
Die Familie Jacquin war mit Mozart befreundet, der für Joseph Franz’ Schwester Franziska das Kegelstatt-Trio (KV 498) und die vierhändige Klaviersonate KV 521 komponierte. Für ihn selbst schrieb Mozart z. B. Mente ti lascio, o figlia (KV 513).
Jacquin heiratete die damals berühmte Klavier-Dilettantin und Mozartschülerin Freiin Maria Barbara (Babette) von Natorp (1769–1844) und führte mit ihr einen musikalischen Zirkel. Das Paar hatte eine Tochter:
Zwar sind einige Vogelarten nach ihm benannt, doch werden diese heute als Synonyme betrachtet. So ist Anas jacquiniGmelin. JF, 1788[2] heute ein Synonym zur Kubapfeifgans (Dendrocygna arborea (Linnaeus, 1758)), Falco JacquiniGmelin. JF, 1788[3] ein Synonym zum Harpyie (Harpia harpyja (Linnaeus, 1758)), Pipile jacquiniReichenbach. 1862[4] ein Synonym für den Trinidadguan (Pipile pipile (Jacquin, 1784)) und Pipile jacquiniGray, GR, 1867[5] ein Synonym für den Blasskehlguan (Pipile grayi (Pelzeln, 1870)).
J. F. Jacquin, E. Fenzl, I. Schreibers: Eclogae plantarum rariorum aut minus cognitarum: quas ad vivum descripsit et iconibus coloratis illustravit. A. Strauss, Wien (1811–1844).
J. F. Jacquin, E. Fenzl, I. Schreibers: Eclogae graminum rariorum aut minus cognitarum: quae ad vivum descripsit et iconibus coloratis illustravit. A. Strauss et Sommer, Wien (1813–1844).
Johann Friedrich Gmelin: Systema Naturae per Regna Tria Naturae, Secundum Classes, Ordines, Genera, Species, Cum Characteribus, Differentiis, Synonymis, Locis. Band1, Nr.1. Georg Emanuel Beer, Leipzig 1788 (biodiversitylibrary.org).
Johann Friedrich Gmelin: Systema Naturae per Regna Tria Naturae, Secundum Classes, Ordines, Genera, Species, Cum Characteribus, Differentiis, Synonymis, Locis. Band1, Nr.2. Georg Emanuel Beer, Leipzig 1788 (biodiversitylibrary.org).
George Robert Gray: List of the specimens of birds in the collection of the British Museum. 5 Gallinae. Typis Franc Seraph. Hübschmanni, München 1867 (biodiversitylibrary.org).
Heinrich Gottlieb Ludwig Reichenbach: Die vollstandigste Naturgeschichte der Tauben und taubenartigen Vögel: Wallnister, Erdtauben, Baumtauben, Hocco's, Columbariae, Megapodinae, Peristerinae, Columbinae, Alectorinae. Expedition der Vollständigsten Naturgeschichte, Dresden und Leipzig 1862 (biodiversitylibrary.org).
