Jonas Junland begann seine Karriere als Eishockeyspieler in seiner Heimatstadt in der Nachwuchsabteilung des Linköpings HC, für dessen Profimannschaft er in der Saison 2005/06 sein Debüt in der Elitserien gab. Dabei blieb er in vier Spielen punkt- und straflos. Anschließend wurde er im NHL Entry Draft 2006 in der dritten Runde als insgesamt 64. Spieler von den St. Louis Blues ausgewählt. Zunächst blieb der Verteidiger jedoch weitere zwei Jahre bei seinem Heimatverein, mit dem er in den Spielzeiten 2006/07 und 2007/08 jeweils Vizemeister wurde. Von 2008 bis 2010 stand er in insgesamt vier Spielen für die St. Louis Blues in der National Hockey League auf dem Eis und gab dabei zwei Torvorlagen. Die gesamte restliche Zeit verbrachte er allerdings bei deren FarmteamPeoria Rivermen in der American Hockey League. In Peoria war er eine feste Größe und wurde unter anderem 2009 mit der Teilnahme am AHL All-Star Classic belohnt.
Kurz nach Beginn seiner zweiten Saison in Astana – im Oktober 2012 – wurde sein laufender Vertrag mit Barys aufgelöst und Junland erhielt er einen Vertrag bei den Pelicans aus der SM-liiga, absolvierte in der Folge aber nur wenige Spiele für den Verein.
Zur Saison 2013/14 kehrte er zu seinem Heimatverein Linköpings HC zurück, wo er bis zum Ende der Spielzeit 2015/16 blieb. Im März 2016 wurde er von Lausanne HC aus der Schweizer National League A (NLA) unter Vertrag genommen.[1] Er wurde als bester Verteidiger der NLA-Hauptrunde 2016/17 ausgezeichnet[2] und gehörte auch in den folgenden Jahren zu den besten Verteidigern der Schweizer Liga. Im Januar 2020 löste er seinen Vertrag mit dem LHC auf und wurde bis 2024 von seinem Stammverein, dem Linköpings HC, verpflichtet.[3]