Bunzl entstammte einer jüdisch-österreichischen Industriellenfamilie. Kurz nach seiner Geburt im englischen Exil entschied sich sein Vater, Viktor Bunzl, als Einziger aus der Familie mit seiner Frau und Kind zur Rückkehr nach Österreich. John Bunzl wuchs in Ortmann, einem kleinen niederösterreichischen Dorf[2] bei Pernitz, auf, wo seine Familie eine von dem Architekten Josef Frank 1914 entworfene Villa besaß.[3][4]
John Bunzl absolvierte 1966 die Matura in Wien. Danach begann er ein Studium der Soziologie an der Universität Wien, das er 1971 abschloss. Er promovierte 1975 und habilitierte sich im Fach Politikwissenschaft 1988 in Innsbruck[5] mit einer Arbeit zum Nahostkonflikt.[6]
Obwohl selbst jüdischer Herkunft, setzte sich Bunzl mit besonderem Engagement für Anliegen der Palästinenser ein und erntete dafür scharfe Kritik, aber auch Anerkennung.
Klassenkampf in der Diaspora. Zur Geschichte der jüdischen Arbeiterbewegung. (= Schriftenreihe des Ludwig-Boltzmann-Instituts für Geschichte der Arbeiterbewegung, 5). Verlag: Wien, Europa-Verlag, 1975
als Hrsg.: Der Nahostkonflikt. Analysen und Dokumente. Wilhelm Braumüller, Wien 1981, ISBN 3-7003-0273-8 und Campus, Frankfurt 1981, ISBN 3-593-32909-3.
Das andere Israel: Gespräche mit der Friedensbewegung. Junius, Hamburg 1983, ISBN 3-88506-121-X.
Der lange Arm der Erinnerung: Jüdisches Bewusstsein heute. Böhlau, Wien 1987, ISBN 3-205-05076-2.
Hoppauf Hakoah: Jüdischer Sport in Österreich von den Anfängen bis in die Gegenwart. Junius, Wien 1987, ISBN 3-900370-10-9.
Juden im Orient: Jüdische Gemeinschaften in der islamischen Welt und orientalische Juden in Israel. Junius, Wien 1989, ISBN 3-900370-83-4.
herausgegeben mit Nadia El-Masri: Der Aufstand: Palästinensische und israelische Stimmen zur Intifada. Passagen, Wien 1989, ISBN 3-900767-37-8.
Gewalt ohne Grenzen: Nahost-Terror und Österreich. Braumüller, Wien 1991, ISBN 3-7003-0926-0.
Zwischen Washington und Jerusalem: Nahost-Lobbies in den USA. Braumüller, Wien 1992, ISBN 3-7003-0980-5.
herausgegeben mit Alexandra Senft: Zwischen Antisemitismus und Islamophobie: Vorurteile und Projektionen in Europa und Nahost.VSA-Verlag für das Studium der Arbeiterbewegung, Hamburg 2008, ISBN 978-3-89965-281-9.