Decker studierte ab 1804 in Paris bei Jacques Louis David und Jean-Jacques Karpff und beschäftigte sich zunächst mit der Historienmalerei, ging jedoch zur Porträtmalerei über. Nach dem Studium kehrte er 1811 nach Colmar zurück. Auf Einladung von ungarischen Offizieren vom Hauptquartier der verbündeten Mächte in Colmar ging er 1818 nach Pest, wo er viele Porträts malte. 1821 kam er nach Wien. Dort war er für den Fürsten Klemens Wenzel Lothar von Metternich und andere Adlige tätig. Von 1827 bis 1840 war Decker Zeichenlehrer beim Erzherzog Karl von Österreich-Teschen, dessen Tochter, die spätere Maria Theresia von Österreich (1816–1867) er unterrichtete.
Johann Stephan Decker schuf Porträts als Miniaturen und Lithographien, später auch Genre- und Landschaftsbilder. 1826 malte er das letzte repräsentative Bildnis Ludwig van Beethovens.
Heinrich Srbik, Reinhold Lorenz: Die geschichtliche Stellung Wiens 1740–1918 (= Geschichte der Stadt Wien, Neue Reihe 7/2). Verein für Geschichte der Stadt Wien, Wien 1962, S. 12, 125.
Heinrich Fuchs: Die österreichischen Maler des 19. Jahrhunderts. Band 1: A–F. Selbstverlag, Wien 1972.
Rudolf Schmidt: Österreichisches Künstlerlexikon. Von den Anfängen bis zur Gegenwart. Lieferung 1 (A. A. bis Bacher). Tusch, Wien 1974.
