Jan Baxant besuchte zunächst die Fachschule für Vermessungswesen in Prag und studierte anschließend Philosophie und Theologie an der Theologischen Fakultät der heiligen Cyrill und Methodius in Litoměřice. Am 23. Juni 1973 empfing er in Prag durch den Prager Erzbischof František Tomášek die Priesterweihe. Er war in der Seelsorge im Erzbistum Prag tätig, unter anderem wirkte er als Regens des Prager Priesterseminars und ab Anfang 2003 als Generalvikar der Diözese Budweis.