Nathansen schrieb Theaterstücke, Romane und eine Biografie über Georg Brandes. Er schrieb auch unter dem Pseudonym Frater Taciturnus. Sein Drama Indenfor Murene wurde 1912 unter seiner eigenen Regie in Kopenhagen uraufgeführt. Die deutsche Übersetzung Hinter Mauern durch John Josephson erschien 1913 auf der Bühne des Berliner Komödienhauses. Das Stück wurde später auch verfilmt.
Das Werk Indenfor Murene gilt als eines der berühmtesten dänischen Theaterwerke des 20. Jahrhunderts. Die im Titel beschworenen Mauern um die ehemaligen Migranten lösen sich durch die Teilhabe an dänischer Politik und Gesellschaft allmählich auf.
Werke (Auswahl)
Sommernat (1899) (Erzählung)
Den forbudne Frugt (1901) (Drei Erzählungen)
Floden (1902) (Roman)
Mo'r har Ret (1904)
Mutter hat Recht: Komödie in 3 Akten. Übersetzung John Josephsohn. Berlin: Oesterheld, 1913
Den gode Borger (1907)
Der gute Bürger: Schauspiel in 3 Akten. Berlin: Oesterheld, 1914
Danas Have (1908) (Schauspiel)
Daniel Hertz (1908)
Daniel Hertz: Schauspiel in drei Akten. Berlin: Vertriebsstelle des Verbandes Deutscher Bühnenschriftsteller, 1909
Indenfor Murene (1912)
Hinter Mauern : Schauspiel in 4 Akten. Übersetzung John Josephsohn. Berlin: Oesterheld, 1913
Affæren (1913)
Die Affäre. Ein bürokratisches Lustspiel in 4 Akten. Übersetzung John Josephsohn. Berlin: Oesterheld, 1913
Dr. Wahl (1915)
Dr. Wahl: Schauspiel in drei Akten mit einem Vorspiel und einem Nachspiel. Übersetzung John Josephsohn. Berlin: Oesterheld, 1915
Af Hugo Davids Liv. Vier Teile (Teil 4 1917) (Roman)
Protest gegen die Judenpogrome. Rede gehalten auf der Protestversammlung in Kopenhagen, 27.11.1918 anlässlich der Pogrome in Polen. Kopenhagen: Bureau der zionistischen Organisation, 1919
Georg Brandes. Et Portræt (1929)
Jude oder Europäer, Porträt von Georg Brandes. Mit 8 Bildnissen. Übersetzung Erwin Magnus. Frankfurt am Main: Rütten & Loening, 1931