Ab 1845 war er Mitglied des Deutschen Künstlervereins in Rom, einige Jahre auch dessen Vorsitzender. 1851 gründete er in Venedig ein Meisterstudio für Aquarellmalerei. Sein bedeutendster Schüler dort war Ludwig Passini. Ab 1856 war er wieder in Leipzig tätig, hielt sich im Sommer oft in Großbritannien auf und unternahm große Auslandsreisen nach Spanien (1856/57), ins Heilige Land (1862 und 1864), Griechenland (ab 1875) und mehrfach nach Italien. Ab 1882 bis zu seinem Tod war Werner Lehrer für Aquarellmalerei an der Königlichen Kunstakademie in Leipzig.
Gustav Lindke: Alte Lübecker Stadtansichten, Lübeck 1968, Nr. 13 und S. 108
Ulrike Muss: Carl Werners Bilder der Akropolis von Athen im Institut für Klassische Archäologie der Universität Wien. In: ETEOKPHTIKA 6, 2020, S. 21 ff.