Die Tsuji-Trost-Reaktion und der Trost-Ligand sind nach ihm benannt. Er gehört nach eigenen Angaben zu den 50 am häufigsten zitierten Chemikern der Welt.
Der Forschungsschwerpunkt liegt auf der Synthese, wobei die Entwicklung neuer Reaktionen und Reagenzien sowie die Entwicklung eines Netzwerks von Reaktionen (siehe auch Tandem-Reaktion), um aus einfachen Molekülen komplexe Zielmoleküle aufzubauen. Für die Entwicklung neuer Reaktionen wird die Route der sogenannten Chemie-Enzyme verfolgt, das sind nicht-peptidische übergangsmetallbasierte Katalysatoren mit chemo-, regio- und enantioselektiven Eigenschaften. Zielmoleküle sind unter anderem durch Metallkatalyse hergestellte Ringverbindungen mit mehr als sechs Ringgliedern.
M. L. Crawley, B. M. Trost: Applications of Transition Metal Catalysis in Drug Discovery and Development. John Wiley & Sons, 2012, ISBN 1-118-30983-9eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche
B. M. Trost: Stereocontrolled Organic Synthesis. Blackwell Scientific Publications, 1994, ISBN 0-86542-833-6
B. M. Trost, M. F. Semmelhack, I. Fleming: Comprehensive Organic Synthesis: Additions to and Substitutions at C-C Pi-Bonds. Verlag Elsevier, 1991, ISBN 0-08-040595-9eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche
B. M. Trost: Problems in Spectroscopy, W.A. Benjamin Co., 1977
B. M. Trost, L. S. Melvin: Sulfur Ylides – Emerging Synthetic Intermediates, Academic Press, 1975, ISBN 0-12-701060-2
Fachartikel
B. M. Trost, K. Hirano: Highly Stereoselective Synthesis of α-Alkyl-α-Hydroxycarboxylic Acid Derivatives Catalyzed by a Dinuclear Zinc Complex. In: Angewandte Chemie (International edition). Band 51, Nummer 26, Juni 2012, S. 6480–6483, doi:10.1002/anie.201201116. PMID 22644705.
B. M. Trost, G. Dong: Total synthesis of bryostatin 16 using atom-economical and chemoselective approaches. In: Nature. Band 456, Nummer 7221, November 2008, S. 485–488, doi:10.1038/nature07543. PMID 19037312. PMC 2728752 (freier Volltext).