Im Verlaufe der frühen englischen Kolonisation am Kap zwischen 1795 und 1803 wurden anglikanische Gottesdienste in den Kirchenräumen der Truppenlager und Befestigungen durch Militärkaplane abgehalten. Schon 1811 wurde in der Kapkolonie ein „Kolonial-Geistlicher“ eingesetzt. Dieser führte vier Jahre lang seine Gottesdienste in den Räumen der Dutch Reformed Church auf der Adderley Street in Kapstadt durch.[1]
Die anglikanischen Gemeinden der südlichen Hemisphäre gehörten anfangs zur Diözese Kalkutta der Church of England (heute eine Diözese der Church of North India). Im Jahre 1847 kam es zur ersten Gründung einer Diözese in der Kapkolonie, wofür Robert Gray zum Bischof ernannt wurde und zu Beginn des Folgejahres sein Amt antrat. Die erste Bischofssynode fand 1863 statt, 1870 folgte die erste Provincial Synod, wodurch die Bistümer des südlichen Afrika zu einer autonomen Kirche innerhalb der Anglikanischen Gemeinschaft wurden. In der darauf folgenden Periode entstanden Grundsätze des kanonischen Rechts, auf deren Grundlage eine kirchliche Selbstverwaltung möglich wurde. 1955 schieden die Diözesen aus Betschuanaland (heute Botswana) und der Föderation von Rhodesien und Njassaland (heute Simbabwe, Sambia und Malawi) aus der Kirche aus und gründeten die Church of the Province of Central Africa. Um 1964 bestanden 14 Diözesen.[1]
Im 21. Jahrhundert zählt die Provinz 28 Diözesen (Angola, Christ the King, Diocese of the Free State (früher Bloemfontein), Eswatini, George, Grahamstown, Highveld, Johannesburg, Kapstadt, Kimberley & Kuruman, Lebombo, Lesotho, Matlosane (früher Klerksdorp), Namibia, Natal, Niassa, Port Elizabeth, Pretoria, St. Helena, Mthatha (früher St. John’s), St. Mark the Evangelist, Umzimvubu, Zululand) in Südafrika, Namibia, Lesotho, Eswatini und St. Helena an deren Spitze als Primas der Erzbischof von Kapstadt steht. Der gegenwärtige Primas der Church of Southern Africa ist Erzbischof Thabo Makgoba. Einer seiner Vorgänger war der FriedensnobelpreisträgerDesmond Tutu.
Seit 1985 wird die Ordination von Frauen praktiziert. Im November 2012 wurde Ellinah Wamukoya in der Diözese Eswatini zur ersten Bischöfin der Anglican Church of Southern Africa geweiht.