1974 trat er in das Laboratoire d’ichtyologie générale et appliquée des Muséum national d’histoire naturelle ein, wo er bis zu seiner Pensionierung im Jahr 1984 blieb. Während seiner Aufenthalte in Übersee nahm er an zahlreichen Expeditionen teil, insbesondere zur Insel Europa in der Straße von Mosambik, die er in den Jahren 1964, 1966, 1968 und 1969 besuchte und deren Ichthyofauna und Riffgeomorphologie er untersuchte. Zwischen 1962 und 1992 veröffentlichte er allein oder in Zusammenarbeit über 30 Artikel. Seine erste Publikation aus dem Jahr 1962 (in Zusammenarbeit mit Pierre Fourmanoir) hat den Titel Poissons téléostéens de l’île Sainte-Marie und ist eine faunistische Studie der Fische der Île Sainte-Marie. 1992 verfasste er mit Gerard Marquet und Pierre Laboute seine letzte Schrift Les Sicydiinae (Gobiidae) des eaux douces de la Polynésie française. Description de trois espèces nouvelles mit den Erstbeschreibungen zu drei neuen Arten aus der Unterfamilie der Lippenzahngrundeln (Sicydiinae) von Französisch-Polynesien.
Neben seinen Beschreibungen beteiligte sich André Maugé aktiv an der Erstellung von Sammelwerken, darunter Clofeta: Catalogue des poissons de l’Atlantique oriental tropical, Cloffa: Catalogue des poissons d’eau douce d'Afrique und FAO identification sheet for the western Indian Ocean, indem er die Kapitel zu mehreren Fischfamilien verfasste, insbesondere zu Chaetodontidae, Serranidae, Eleotridae, Gobiidae und anderen. Er war auch ein talentierter Zeichner und fertigte die Illustrationen für seine Veröffentlichungen selbst an.