Bevor er im Filmgeschäft tätig wurde, absolvierte er eine Ausbildung zum Grafikdesigner in London.[1]
Mit Boran aus dem Jahr 2001 gab Alexander Berner sein Debüt als Spielfilmregisseur; bereits 1989 hatte er einen Dokumentarfilm mit dem Titel Inheritance inszeniert.[1] Seit den frühen 1990er Jahren war er bei mehr als zwei Dutzend Filmprojekten für den Schnitt verantwortlich.
In den Jahren 1996, 2007, 2013 und 2016 wurde Berner unter anderem mit dem Deutschen Filmpreis für den besten Schnitt ausgezeichnet. 2013 mit dem Saturn. 2018 mit dem Grimme Preis.