Der Ajakli entspringt und verläuft etwas nördlich des nördlichen Polarkreises im Putoranagebirge, dem abseitigen Nordostteil des Mittelsibirischen Berglands. Der Fluss fließt überwiegend nordwestwärts, um sich noch im Gebirge mit dem Ajan zur Cheta zu vereinen. Letztere verlässt das Gebirge nordwärts verlaufend als südwestlicher Quellfluss der Chatanga.
Die bedeutendsten Zuflüsse des Ajakli sind Chugdjakit (Länge 98 km; auch Chigdekit[1]) und Chibarba (135 km), beide von links.[3]