Die Sammlung geht zurück auf die kaiserliche Kunstsammlung der Habsburger. Das früheste erworbene Objekt ist die im 16. Jahrhundert für Kaiser Ferdinand I. in Konstantinopel erworbene Statue des Gemnefharbak. In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurde das k.k. Münz- und Antikenkabinett gegründet, dessen Abteilung die ägyptische Sammlung bildete. 1821 konnten ca. 4000 Objekte in Ägypten erworben werden. Die ägyptische Sammlung war von 1823 bis 1863 im sogenannten Harrachschen Haus Palais Corbelli-Schoeller, Johannesgasse 7, öffentlich ausgestellt, seit 1863 im Unteren Belvedere. Seit 1891 befindet sie sich im neu errichteten Gebäude des Kunsthistorischen Museums. Ein weiterer bedeutender Ausbau gelang durch Funde aus den Grabungen von Hermann Junker in den Nekropolen von Gizeh.
Alexander Dedekind: Geschichte der Kaiserlichen Sammlung altägyptischer Objekte in Wien. Frick, Wien 1907.
Helmut Satzinger: Ägyptische Kunst in Wien. Kunsthistorisches Museum, Wien 1980.
Helmut Satzinger: Das Kunsthistorische Museum in Wien. Die Ägyptisch-Orientalische Sammlung (= Zaberns Bildbände zur Archäologie 14). von Zabern, Mainz 1994.
Regina Hölzl: Meisterwerke der Ägyptisch-Orientalischen Sammlung. Kunsthistorisches Museum, Wien 2007, ISBN 978-3-85497-097-2.
Corpus Antiquitatum Aegyptiacarum. Kunsthistorisches Museum Wien, Ägyptische-Orientalische Sammlung. von Zabern, Mainz
Lieferung 1: Brigitte Jaroš-Deckert: Statuen des Mittleren Reichs und der 18. Dynastie. 1987.
Lieferung 2–3: Elfriede Reiser-Haslauer: Die Kanopen, 1–2. 2 Bände, 1989.
Lieferung 4: Irmgard Hein, Helmut Satzinger: Stelen des Mittleren Reiches I, einschliesslich der I. und II. Zwischenzeit. 1989.