لقد تأثر لودفيغ بزوجته كثيراً، مما دفعه إلى الاختلاف بشكل متزايد مع والده الذي أصبح يفضل شقيقه الأصغر يوهان كازيمير عليها باعتباره كالفيني، وصل الخلاف بين الأخوين إلى ذروته بعد وفاة والدهم في 1576 عند تفسير وصيته التي لم يتم حل معظمها إلا عام 1578، وقع لودفيغ على وثيقة الوفاق عام 1577 وكتاب الوفاق لعام 1580 باسمه وباعتباره الوصي على مارغرافيات بادن آنذاك، بحيث رتب هذه الوثائق أسس الإيمان اللوثري.
على عكس والده تماماً أعطى الأفضلية للوثرية على الكالفينية، مما أدى إلى تطهير الكالفينيين من المناصب في جامعة هايدلبرغ،[2] وجد اللاهوتيون الكالفينيين الحماية في بلاط شقيقه الأمير يوهان كازيمير، بحيث أسس لهم كلية بديلة في نويشتات أن در فاينشتراسه، وخلال حرب كولونيا كان لودفيغ السادس الأمير اللوثري الوحيد الذي وقف إلى جانب رئيس أساقفةكولونياجيبهارد فون فالدبورغ.
مع إعادة التنظيم اللوثرية في البلاد، اعتمد لودفيغ دستورًا قضائيًا جديدًا للشرطة ، وفي عام 1582 اعتمد دستوراً جديداً، كان لودفيغ السادس منذ عام 1577 حتى وفاته وصيًا مناصفاً لمرغريفيات بادن-دورلاخ، وتم تسميته بذلك حتى بلغ الوريث إرنست فريدرش السن القانوني،[3] عانى لودفيغ من مشاكل في صدره منذ أن كان عمره 21 عامًا، وتوفي عام 1583 عن عمر يناهز 44 عامًا في هايدلبرغ ودُفن في كنيسة الروح القدس.
في وصيته، عيّن لودفيغ المريض باستمرار زوجته إليزابيث وشقيقها لودفيغ كأوصياء على ابنهما القاصر فريدرش، بالإضافة إلى دوق فورتمبيرغومارغريف براندنبورغ-أنسباخ، ولكن شقيقه يوهان كازيمير عارض هذه الوصية بسبب تجاهله عنها باعتباره عم الأمير ناخب مستقبلي، ومع ذلك جنبا إلى جنب مع رفاقها الأوصياء رفعت إليزابيث دعوى قضائية ضده في محاكم الإمبراطورية ولكن دون جدوى، كان يوهان كازيمير مدعوماً من شقيقها الأكبر فيلهلم الرابع، الذي كان يخشى تأثيرها اللوثري الصارم على فريدرش وسياسة البلاد، ومع ذلك بسبب وفاتها المبكرة في 1582 ووفاة لودفيغ في العام التالي تم تعيين شقيقه يوهان كازيمير الوصي الرسمي على ابنهما واستمر كذلك حتى وفاته في 1592.
إليزابيث (أمبرغ؛ 24 نوفمبر 1576 -هايدلبرغ؛ 10 أبريل 1577).
وفي 12 يوليو 1583 تزوج فريدرش ثانياً: من آن فون فريزيا الشرقية (26 يونيو 1562 - 21 أبريل 1631)؛ هي ابنة إدتسارد الثانيكونت فريزيا الشرقية وزوجته كاثرين فاسا شقيقة صهره كارل التاسع، لم يكن لهم أبناء، بحيث توفي لودفيغ في 22 أكتوبر، تزوجت من بعده في 21 ديسمبر 1585 من ريبيه سابقاً المارغريف إرنست فريدرش، ومع ذلك لم يكن لديها أبناء منه كذلك.