أصدر قراراً بقانون بالعفو الشامل عن جميع المتهمين والمعتقلين في الأحداث التي تمت لمناصرة ثورة يناير منذ أحداث الخامس والعشرين من يناير 2011 حتى توليه رئاسة الجمهورية في 30 يونيو 2012.
إقالة النائب العام وتعيينه سفيراً لدى الفاتيكان. إلا أنه رجع عن قراره، وقال أحد مستشاريه أنها ترقية وليست إقالة.
دعم الفلسطينيين سياسيا ومعنويا أثناء التصعيد على غزة ودفع الدبلوماسية المصرية للتوسط والتنسيق لحل الأزمة.
كما زار الصين وإيطاليا وبلجيكا وإثيوبيا وأوغندا وروسيا وألمانيا وحضر جلسة الامم المتحدة وألقى خطاباً لمدة 30 دقيقة كما التقى هناك برئيسة وزراء أستراليا
زيارة الرئيس مرسي لتركيا
أكد الرئيس محمد مرسي أن مصر لن تهدأ أو تستقر حتى يتوقف نزيف الدم في سوريا، وتزول القيادة السورية الحالية «الظالمة».
قال مرسي، في كلمة خلال المؤتمر العام الرابع لحزب العدالة والتنمية التركي، أمس: «ما يحدث في سوريا من قتل وذبح للشعب السوري صباح مساء يدمي قلوبنا، ونحن نؤيد الشعب السوري في جميع خياراته»، واصفاً الوضع في سوريا بأنه «مأساة هذا العالم والقرن».
وتابع الرئيس: «إن الشعبين المصري والتركي يسعيان إلى دعم ومعاونة الشعوب التي تتحرك وتثور لتنال حرياتها، وتزيح حكامها الذين يحكمونها بالحديد والنار والديكتاتورية»، مشيراً إلى أن دول الربيع العربي تحتاج إلى دعم تركيا في مرحلة ما بعد الثورات.
وقبل مشاركته في مؤتمر «العدالة والتنمية»، التقى «مرسي» نظيره التركي عبد الله جول، في مقر الرئاسة بالعاصمة أنقرة، حيث بحثا علاقات التعاون الثنائية، وعدداً من القضايا الإقليمية والدولية، وفي مقدمتها الملفان الفلسطيني والسوري، كما التقى مرسي رئيس الوزراء رجب طيب أردوغان
برنامج المائة يوم
تعهد مرسي بحل مشكلات المرور والأمن والوقود والخبز والنظافة إلا أنه لم يحقق سوى 9 وعود من أصل 64 وشرع في تنفيذ 24 وعد آخر فقط مما أزادت الاحتجاجات العمالية والإضرابات مثل إضراب سائقي الميكروباص والأطباء والمعلمين وآخرين مما إعتبره البعض فشل في تنفيذ وعوده[9]
بعد حكم الرئيس مرسي للجمهورية مرت البلاد بحالات استثنائية يقول مؤيدوه أنها سبب تعطيل اتمام برنامج الـ 100 يوم الذي يقولون أنه يحتاج ظروف مثالية بينما يرى المعارضون أنه كان عليه تنفيذ هذه التعهدات تحت أي ظرف.
في يوم الأثنين 27 أغسطس 2012[12] أعلن ياسر علي المتحدث باسم رئيس الجمهورية محمد مرسي أسماء الفريق الرئاسي، حيث قرر الرئيس محمد مرسي تعيين كلا من باكينام الشرقاوي مساعدا لرئيس الجمهورية للشؤون السياسية، وعصام الحداد مساعدا لرئيس الجمهورية للشؤون الخارجية والتعاون الدولي، وسمير مرقص مساعدا لرئيس الجمهورية لملف التحول الديمقراطي، وعماد الدين عبد الغفور مساعدا لرئيس الجمهورية عن ملف التواصل المجتمعي.
وأعلن ياسر علي كذلك أنه تم تشكيل هيئة استشارية لرئيس الجمهورية مكونة من 17 عضوا، هم: