Romo Eko Budi Susilo ditahbiskan menjadi imam pada 12 Juli 1990. Setelah ditahbiskan, penugasan pertamanya ialah sebagai pastor rekan di Paroki Katedral Surabaya sejak tahun 1990 hingga 1996. Setelah itu, Romo Eko ditunjuk menjadi pastor kepala di Paroki Redemptor Mundi, Surabaya, pada tahun 1996, di mana ia bertugas hingga tahun 2002.
Pada tahun 2002, Romo Eko mendapat penugasan baru sebagai Pastor Kepala Paroki Santo Aloysius Gonzaga dan Stasi Yakobus. Lima tahun kemudian, ia melanjutkan pelayanan sebagai Pastor Kepala Katedral Hati Kudus Yesus hingga tahun 2012. Setelah masa tugas di Katedral, Romo Eko diangkat sebagai Pastor Kepala Paroki Santo Paulus Nganjuk dan bertugas di sana hingga tahun 2016. Ia kemudian menjabat sebagai Pastor Rekan di Paroki Santo Petrus Tuban pada periode 2016–2017.
Pada tahun 2017, Romo Eko ditunjuk menjadi Vikaris Jenderal Keuskupan Surabaya. Selama masa jabatan tersebut, Romo Eko juga ditugaskan sebagai Pejabat Sementara Kepala Paroki di beberapa tempat, yaitu Paroki Santa Maria Annuntiata Sidoarjo pada tahun 2020 dan Paroki Katedral pada periode 2021–2022.[2]
Pasca meninggalnya Mgr. Vincentius Sutikno Wisaksono pada 10 Agustus 2023, Romo Eko ditunjuk oleh Dewan Konsultores Keuskupan Surabaya menjadi Administrator Diosesan Keuskupan Surabaya pada 14 Agustus 2023.[3] Jabatan tersebut ia emban hingga Mgr. Agustinus Tri Budi Utomo terpilih menjadi Uskup Surabaya pada 29 Oktober 2024.
Karya
Y. Eko Budi Susilo, Pr (2007). Dari Jubileum Arwah sampai Lapindo Beauty Spa : Gurihnya Obrolan Rawon Kehidupan Cak Klowor. Dioma.
Yosef Eko Budi Susilo (2002). Gereja dan negara hubungan gereja Katolik Indonesia dengan negara Pancasila. Averroes Press.