Komite Internasional tentang Taksonomi Virus mengklasifikasikan virus RNA sebagai Grup III, Grup IV atau Grup V pada sistem Klasifikasi Baltimore tentang virus dan tidak menganggap virus dengan perantara DNA dalam siklus hidupnya sebagai virus RNA.[3] Virus yang menggunakan RNA sebagai bahan genetik mereka dan juga sebagai zat perantara DNA dalam siklus replikasi mereka disebut retrovirus, terdiri dari Grup VI dari klasifikasi Baltimore. Virus yang tergolong retrovirus seperti HIV-1 dan HIV-2, penyebab penyakit AIDS.
Istilah lain untuk virus RNA yang secara eksplisit mengecualikan retrovirus adalah ribovirus.[4]
Virus RNA dapat diklasifikasi lebih lanjut sesuai dengan rasa atau polaritas RNA mereka menjadi sense-negatif dan sense-positif, atau virus RNA ambisense. RNA virus sense-positif mirip dengan mRNA dan dengan demikian dapat segera diterjemahkan oleh sel inang. RNA virus sense-negatif melengkapi mRNA dan dengan demikian harus dikonversi ke RNA sense-positif oleh RNA polimerase yang bergantung dengan RNA sebelum diterjemahkan. Dengan demikian, RNA yang dimurnikan dari virus sense-positif dapat langsung menyebabkan infeksi meskipun mungkin kurang menular daripada keseluruhan partikel virus. RNA yang dimurnikan dari virus sense-negatif tidak menular dengan sendirinya karena perlu ditranskripsi menjadi RNA sense-positif; setiap virion dapat ditranskripsi ke beberapa RNA sense-positif. Virus RNA ambisense menyerupai virus RNA sense-negatif, kecuali mereka juga menerjemahkan gen dari untai negatif.[5]
Virus RNA untai ganda
Struktur virion reovirus
Virus RNA untai ganda mewakili beragam kelompok virus yang sangat bervariasi dalam kisaran inang (manusia, hewan, tumbuhan, jamur, dan bakteri), nomor segmen genom (satu hingga dua belas), dan organisasi virion . Anggota kelompok ini termasuk rotavirus, yang terkenal secara global sebagai penyebab paling umum gastroenteritis pada anak kecil, dan picobirnavirus, yang terkenal di seluruh dunia sebagai virus yang paling umum muncul dalam sampel tinja dari baik manusia maupun hewan dengan atau tanpa tanda-tanda diare. Virus lidah biru adalah patogen yang secara ekonomis penting bagi sapi dan domba. Dalam beberapa tahun terakhir, kemajuan luar biasa telah dibuat dalam menentukan, pada tingkat atom dan subnanometer, struktur sejumlah protein virus utama dan kapsit virion dari beberapa virus dsRNA, menyoroti paralel yang signifikan dalam struktur dan proses replikasi dari banyak virus-virus ini.[2]
Tingkat mutasi
Virus RNA pada umumnya memiliki tingkat mutasi yang tinggi dibandingkan dengan virus DNA,[6] karena polimerase RNA viral tidak memiliki kemampuan proofreading dari DNA polimerases.[7] Ini adalah salah satu alasan mengapa sulit untuk membuat vaksin yang efektif untuk mencegah penyakit disebabkan oleh virus RNA.[8]
Retrovirus juga memiliki tingkat mutasi yang tinggi walaupun perantara DNA mereka berintegrasi ke dalam genom inang (dan dengan demikian tunduk pada DNA proofreading host setelah terintegrasi), karena kesalahan selama transkripsi terbalik tertanam ke dalam kedua untai DNA sebelum integrasi.[9]
Beberapa gen virus RNA penting untuk siklus replikasi virus dan mutasi tidak dapat ditoleransi. Misalnya, wilayah genom virus hepatitis C yang mengkodekan protein inti sangat dilindungi,[10] karena mengandung struktur RNA yang terlibat dalam tempat entri ribosom internal.[11]
^Tuplin A, Evans DJ, Simmonds P (October 2004). "Detailed mapping of RNA secondary structures in core and NS5B-encoding region sequences of hepatitis C virus by RNase cleavage and novel bioinformatic prediction methods". J. Gen. Virol. 85 (Pt 10): 3037–47. doi:10.1099/vir.0.80141-0. PMID15448367.
