Universitas ini telah berabad-abad menjadi tempat penting bagi ilmu pengetahuan dan pembelajaran, diwakili oleh nama-nama seperti Linnaeus, Celsius, dan Ångström, dan selanjutnya oleh beberapa peraih Penghargaan Nobel dalam bidang-bidang ilmu alam - seperti Svante August Arrhenius. Selain itu, Uppsala sangat berpengaruh dalam identitas nasional dan budaya Swedia melalui tokoh seperti misalnya August Strindberg.
Terdapat sembilan fakultas di Universitas Uppsala. Ada sekitar 40.000 mahasiswa yang sedang menempuh studi sarjana atau program profesional, dan sekitar 2.400 mahasiswa program doktor. Terdapat 3.800 orang tenaga pengajar dari keseluruhan 6.000 pegawai.
Universitas Uppsala memiliki sembilan fakultas yang dikelompokkan ke dalam tiga bidang ilmu yang masing-masing dipimpin oleh seorang wakil rektor. Berikut ialah ketiga bidang ilmu tersebut dan fakultas-fakultas yang terdapat di dalamnya.
Bidang ilmu humaniora dan ilmu sosial
Fakultas teologi
Fakultas hukum
Fakultas sejarah dan filsafat
Fakultas ilmu bahasa
Fakultas ilmu sosial
Bidang ilmu kedokteran dan farmasi
Fakultas kedokteran
Fakultas farmasi
Bidang ilmu teknik dan pengetahuan alam
Fakultas teknik dan ilmu pengetahuan alam
Selain itu, terdapat pula fakultas ilmu pendidikan yang tidak dimasukkan dalam ketiga bidang ilmu tersebut.
Masing-masing fakultas tersebut terdiri dari institusi atau departemen dengan jumlah berbeda-beda. Fakultas teologi dan fakultas hukum hanya memiliki masing-masing satu institusi, sedangkan fakultas teknik dan ilmu pengetahuan alam memiliki banyak institusi yang terkelompokkan dalam beberapa bagian atau seksi.
