Mr Goenawan menjadi Jaksa Agung terhitung tanggal 31 Desember1959. Sebelumnya, pada masa kepemimpinan Mr Gatot Taroenamihardja, ia menjabat sebagai Jaksa Agung Muda. Pada era Mr Goenawan, dalam tubuh Departemen Kejaksaan terbentuk Biro Pengawasan Aliran Kepercayaan (Biro Pakem) sebagai kelanjutan dari Badan Pakem yang dibentuk tahun 1958. Pada era ini pula, tugas kejaksaan meluas, tidak hanya pada bidang represif saja, melainkan juga ke bidang preventif dan bahkan pemerintahan dan keamanan, seperti dalam persoalan orang asing serta pelaksanaan pembinaan pers nasional.
Saat ini pula terwujud Rancangan Undang-undang Pokok Kejaksaan serta UU Pokok Kepolisian yang menetapkan tugas-tugas Jaksa dalam hubungannya dengan batas-batas tugas-tugas hakim dan polisi. Pada tanggal 22 Juli1960, kabinet dalam rapatnya memutuskan bahwa kejaksaan menjadi departemen dan keputusan tersebut dituangkan dalam surat Keputusan Presiden RI tertanggal 1 Agustus 1960 No.204/1960 yang berlaku sejak 22 Juli 1960. RUU ini kemudian disahkan pemerintah cq Presiden pada tanggal 30 Juni1961 dan dinamai UU Nomor 15 tahun 1961. UU ini memuat Ketentuan-ketentuan Pokok Kejaksaan atau Undang-undang Pokok Kejaksaan (UUPK). Hal itulah yang melatarbelakangi penetapan 22 Juli sebagai hari Kejaksaan dengan surat Keputusan Menteri/JA No. Org/A-51/1 tanggal 2 Januari 1961.
Gagasan Lambang Kejaksaan dan penggunaan pakaian seragam jaksa terwujud pada masa ini. Hal-hal baru lainnya yang ditegaskan dalam UU ini di antaranya landasan hukum bagi pegawasan aliran kepercayaan yang dapat membahayakan masyarakat dan negara (Pasal 2 (4)), landasan hukum pembentukan Kejaksaan tinggi, Kedudukan Kejaksaan sebagai Departemen dan Jaksa Agung sebagai menteri (Pasal 3 dan 5), surat tuduhan tidak lagi dibuat oleh hakim, tetapi oleh Jaksa (pasal 12 (1).
Selain dari itu, Jaksa Agung Mr. Goenawan juga berperan dalam mewujudkan pemasukan kembali Irian Jaya ke dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia.
