Pohon filogenetika atau pohon evolusi adalah diagram percabangan atau "pohon" yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai spesiesmakhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik dan/atau genetik mereka. Takson yang terhubung pada pohon tersebut berarti diturunkan dari satu nenek moyang bersama. Penggambaran pertama pohon ini antara lain ditemukan pada buku Elementary Geology dari Edward Hitchcock (1840) dan The Origin of Species dari Charles Darwin (1859).
Pohon filogenetika ini dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi, seperti pohon kehidupan. Selain itu pohon ini dapat digunakan untuk mencari fungsi dari suatu gen atau protein, riset medis dan epidemiologi seperti HIV, dan ilmu biologi evolusioner.[1]
^(Inggris) Fiona Brinkman (2001). Phylogenetic Analysis. John Wiley & Sons. ISBN 0-471-38390-2.Parameter |coauthors= yang tidak diketahui mengabaikan (|author= yang disarankan) (bantuan)Page: 323
