Organisasi ini tidak sama dengan Uni Eropa (UE) yang beranggotakan 28 negara. Kedua badan ini sering dianggap sama karena UE menggunakan Bendera Eropa asli yang dibuat oleh Majelis Eropa tahun 1955[4] serta lagu kebangsaan Eropa.[5] Belum ada negara yang bergabung dengan UE sebelum bergabung dengan Majelis Eropa.[6] Majelis Eropa adalah pengamat resmi Perserikatan Bangsa-Bangsa.[7]
Berbeda dengan UE, Majelis Eropa tidak dapat membuat undang-undang yang mengikat, tetapi memiliki kuasa untuk menegakkan perjanjian internasional tertentu di berbagai bidang yang ditandatangani oleh negara-negara Eropa. Badan Majelis Eropa yang paling terkenal adalah Pengadilan Hak Asasi Manusia Eropa yang menegakkan Konvensi Hak Asasi Manusia Eropa.
Dua badan resmi di dalam Majelis ini adalah Komite Menteri yang beranggotakan menteri luar negeri setiap negara anggota dan Majelis Parlemen yang terdiri dari anggota parlemen nasional setiap negara anggota. Komisaris Hak Asasi Manusia adalah badan independen di dalam Majelis Eropa yang ditugaskan memperkenalkan dan mengutamakan hak asasi manusia di negara-negara anggota. Sekretaris Jenderal memimpin sekretariat organisasi. Salah satu badan utama di Majelis Eropa adalah Direktorat Kualitas Obat-Obatan Eropa.