MTV Video Music Awards Jepang 2006 dibawakan oleh Mokomichi Hayami dan Masami Hisamoto di Tokyo. Acara tahunan ke-5 perdana langsung di MTV, Sabtu 27 Mei di Yoyogi National Gymnasium. Acara penghargaan difilmkan hadapan penonton langsung dari 8000 penggemar musik. Acara berkilauan menampilkan pertunjukan live dari timur jauh dan barat, termasuk penampilan Jepang AI, Def Tek, Kumi Koda dan Remioromen, bersama dengan penampilan internasional Hoobastank, John Legend, Kelly Rowland, Rihanna dan Se7en dari Korea Selatan. Acara ini juga menampilkan pertunjukan khusus oleh R&B superstar Jepang Ken Hirai bergabung dengan John Legend. Upacara penghargaan juga ditandai dengan penampilan dari Michael Jackson.
Nominations
Pemenang berada di tulisan tebal.
Video of the Year
Album of the Year
Best Male Video
Best Female Video
Best Group Video
Best New Artist
Best Rock Video
Best Pop Video
Best R&B Video
Best Hip-Hop Video
Best Reggae Video
Best Dance Video
Best Video from a Film
Best Collaboration
Best buzz ASIA
Jepang
Korea Selatan
Taiwan
Penghargaan spesial
Best Director
Best Special Effects in a Video
The Most Influential Songwriter Award
Inspiration Award
Legend Award
Penampilan Live
Tamu selebriti