Dia masuk politik pada tahun 2000 "berdasarkan hubungannya dengan mantan Presiden Kim Dae-jung yang dia bentuk saat meliput politik."[4] Mengikuti kepergiannya dari Dong-a Ilbo ia terpilih sebagai anggota Majelis Nasional pada tahun 2000 dan menjabat selama empat periode.[2] Dia juga menjabat sebagai juru bicara mantan Presiden Roh Moo-hyun saat menjadi presiden terpilih pada tahun 2002.[5]
Dia meninggalkan jabatan di tengah masa jabatan keempatnya pada tahun 2014 untuk mencalonkan diri sebagai Gubernur Provinsi Jeolla Selatan.
Lee telah menikah dan dikaruniai satu orang putra.[4] Bongwan Lee Nak-yon termasuk dalam klan Jeonju Yi, yang membuatnya menjadi bagian dari keluarga kerajaan Yi. Ia juga merupakan keturunan generasi ke-22 dari Pangeran Wanpung, yang merupakan kakak tertua dari Raja Taejo dari Joseon, pendiri Dinasti Joseon.