Komando Daerah Militer ini berasal dari Angkatan Laut RI Divisi IV/Pertahanan Kalimantan yang terbentuk pada tanggal 4 Oktober1949, berkedudukan di Kandangan, Kalimantan Selatan. Oleh Pemerintah RI, ALRI Divisi IV ini ditetapkan menjadi Satuan Angkatan Darat dengan nama Divisi Lambung Mangkurat dengan wilayah seluruh Kalimantan. Terhitung 5 Januari1950, Divisi Lambung Mangkurat ditetapkan menjadi Teritorium Kalimantan yang membawahi Sub Teritorium, yang kemudian di likuidasi menjadi tiga brigade operasi, yaitu Sub Ter I menjadi Brigade G, Sub Ter II menjadi Brigade F dan Sub Ter III menjadi Brigade E.
1950
Guna pengendalian pola operasi dan pembinaan, pada tanggal 20 Juli1950, KASAD waktu itu Kolonel AH Nasution meresmikan berdirinya Komando Tentara Teritorium VI Tanjungpura berkedudukan di Banjarmasin, yang kemudian dijadikan tonggak sejarah hari jadinya.
1958
Karena alasan sangat luasnya territorial, pada 29 Maret1958, dibentuk Komando Antar Daerah Kalimantan (Koandakal) bermarkas di Banjarmasin, sekaligus likuidasi KO-TT VI/Tanjungpura beserta jajarannya.
Selanjutnya pada tanggal 19 Juli1958, Kodam Kalimantan Timur berubah namanya menjadi Kodam IX/Mulawarman yang berperan sebagai subkompartemen yang mempunyai fungsi sebagai komando pengendalian Pertahanan dan Keamanan.
1970-an
Awal 1970-an, Koandakal dihapus dan diubah menjadi Komando Wilayah Pertahanan (Kowilhan) III/Kalimantan. Seiring penyempurnaan Kowilhan pada tahun 1974, Kowilhan III/Kalimantan masuk ke dalam Kowilhan III/Sulawesi-Kalimantan.
1984
Pada tanggal 3 Desember1984, ketika terjadi reorganisasi dari 16 Kodam menjadi 10 Kodam maka tiga Kodam yang ada di wilayah Kalimantan direorganisasi menjadi satu Kodam. Untuk itu, pada tanggal 1 Mei 1985 secara resmi Kodam VI/Tanjungpura berdiri dan markasnya yang semula di Kota Banjarmasin pindah ke Kota Balikpapan.[3]
2010
Kepala Staf Angkatan Darat JenderalTNIGeorge Toisutta menjadi irup pada upacara likuidasi Kodam VI/Tanjungpura serta ditindaklanjuti dengan peresmian Kodam VI/Mulawarman pada tanggal 28 Juni 2010 di Lapangan Upacara Makodam VI/Mulawarman Balikpapan. Dalam kesempatan tersebut selain meresmikan Kodam VI/Mulawarman, Kasad juga meresmikan gedung Olahraga Mulawarman yang ditandai dengan penandatangan prasasti diatas batu marmer.
Kodam sebelumnya
Sebelumnya di Kalimantan terdapat 3 Kodam yang masing-masing memiliki wilayah teritorial di tiap provinsi di Kalimantan, walaupun kemudian Kodam-kodam tersebut digabungkan pada tanggal 3 Desember 1984. Kodam-kodam tersebut diantaranya adalah:
Saat ini, Kodam VI/Mulawarman dipimpin oleh seorang Panglima Kodam (Pangdam) yang berpangkat Mayor Jenderal. Saat ini jabatan Pangdam diduduki oleh MayjenTNIAchiruddin Darojat.
