Pembangunan gereja Bunda Rahmat yang pertama dimulai pada akhir abad kelima belas di bawah pimpinan Kapten Álvaro de Caminha. Gereja ini terletak di dekat katedral yang sekarang.[3] Gereja itu menjadi pusat sebuah keuskupan pada tahun 1534.[4][5] Bangunan ini dibangun kembali antara tahun 1576 dan 1578, pada masa pemerintahan Raja Sebastian dari Portugal.[2] Pada tahun 1784, kondisinya buruk karena bagian depannya rusak.[6] Pada tahun 1814, Katedral ini dibangun kembali atas inisiatif penduduk setempat. Modifikasi terakhir dilakukan pada tahun 1956, ketika gereja direnovasi dengan gaya kebangkitan eklektik, dengan fasad utama neo-romanesque.[7]
^Madeira da Silva, Teresa. "A cidade de São Tomé no Quadro das Cidades Insulares Atlânticas de Origem Portuguesa". Actas do Colóquio Internacional São Tomé e Príncipe Numa Perspectiva Interdisciplinar, Diacrónica e Sincrónica. ISCTE – University Institute of Lisbon: 53. hdl:10071/3921.Parameter |tanggal= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^Fernandes. "As cidades de São Tomé e de Santo António, até aos séculos XIX dan XX - arquitectura e urbanismo". Actas do Colóquio Internacional São Tomé e Príncipe Numa Perspectiva Interdisiplinar, Diacrónica e Sincrónica. ISCTE – Institut Universitas Lisbon: 76. hdl:10071/3906.Parameter |pertama= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan); Parameter |tanggal= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)