Situs katedral disumbangkan ke keuskupan pada tahun 1828 untuk pembangunan gereja paroki untuk Ennis. Pekerjaan pembangunan dimulai dan dilanjutkan dengan kemajuan yang lambat, dan gereja yang belum selesai pertama kali digunakan untuk mengadakan Misa pada tahun 1842. Gereja tersebut kemudian didedikasikan untuk santo Petrus dan Paulus setahun kemudian .[2]
Pembangunan gereja sebagian besar terhenti selama Kelaparan Besar, namun setelah itu pengerjaan desain interior gereja dilakukan. Menara dan puncak gereja selesai dibangun pada tahun 1874. Gereja paroki dinaikkan statusnya menjadi pro-katedral pada tahun 1889, dengan Uskup bertempat tinggal di Ennis.
Pada tahun 1890, Thomas J. McRedmond menjadi Uskup Killaloe, dan memutuskan untuk mendasarkan keuskupan di gereja di Ennis. Dengan demikian, gereja paroki ditetapkan sebagai pro-Katedral Keuskupan Killaloe.[3]
Pada tahun 1894, pintu masuk utama katedral dibangun, dan dekorasi ulang bangunan secara ekstensif dilakukan. Pada tahun 1930-an, ruang sakristi dan ruang bab baru ditambahkan ke dalam gedung, dan organ pipa serta bilik bab yang ada dipasang.
Katedral ditutup selama enam bulan pada tahun 1973, sementara pekerjaan dilakukan untuk merombak bangunan tersebut sesuai dengan persyaratan Konsili Vatikan Kedua. Organ pipa diperbaharui pada tahun 1985.
Pro-katedral ini didedikasikan kembali sebagai katedral pada tahun 1990. Setelah kebakaran di katedral pada tahun 1995, tempat suci ini dibangun kembali dan interiornya didekorasi ulang, dengan pekerjaan selesai pada akhir tahun 1996.[1]