Katedral El Aaiún atau yang resminya bernama Katedral Santo Fransiskus dari Assisi[1] (bahasa Arab: كاتدرائية القديس فرنسيس الأسيزي; bahasa Spanyol: Catedral de San Francisco de Asís de El Aaiún; bahasa Prancis: Cathédrale de Saint François d'Assise) atau hanya disebut sebagai Katedral Spanyol, adalah sebuah gereja katedralKatolik yang terletak di kota El Aaiún, Maroko. Katedral ini berfungsi sebagai pusat kedudukan dan takhta bagi Prefektur Apostolik Sahara Barat (Praefectura Apostolica de Sahara Occidentali).[2]
Gereja ini dibangun pada tahun 1954, pada masa kehadiran kolonial Spanyol di Sahara Spanyol dengan desain arsitek Diego Méndez, penulis proyek "Valley of the Fallen" di San Lorenzo de El Escorial. Saat ini, katedral tersebut berada di bawah tanggung jawab Oblat Maria Imakulata dan melayani komunitas kecil Spanyol di kota yang masih ada, serta melayani personel aktif misi PBB di negara tersebut.