Hubungan diplomatik antara Indonesia dan Kolombia mulai berlangsung pada 15 September 1980,[2][3] saat itu hubungan diplomatik ditangani oleh Kedutaan Besar Indonesia di Brasilia, Brasil dan Kedutaan Besar Kolombia di New Delhi, India. Pada 1983, Kolombia menaikan peringkat konsulat di Jakarta menjadi kedutaan besar dan terus ada sampai dengan 29 November 2002 ketika kedutaan ditutup karena alasan keuangan bagian dari restrukturisasi oleh Kementerian Luar Negeri Kolombia. Indonesia membuka kedutaan besar di Bogota pada Mei 1989, dan duta besar pertama untuk Kolombia dijabat oleh Dr. Trenggono, yang menyerakan surat kepercayaan untuk Presiden Virgilio Barco Vargas pada 16 Juni 1989[4] dan terus berlanjut hingga sekarang.
Pada 7 Maret 2011, Presiden Kolombia, Juan Manuel Santos Calderon mengumumkan akan membuka kembali Kedutaan Besar Kolombia di Jakarta sebagai bagian dari promosi Blok Ekonomi CIVETS dimana Kolombia dan Indonesia adalah bagian dari pasar negara berkembang yang memiliki kesamaan latar belakang ekonomi dan untuk memperkuat hubungan antara Indonesia dan Asia secara umum.[5]
