Pada masa Kekaisaran Rusia pada abad kesembilan belas, sekelompok kecil minoritas Katolik di Samarkand yang dibentuk oleh para pedagang dan pegawai asal Polandia atau Jerman menetap di tempat tersebut. Mereka meminta izin untuk membangun gereja pada tahun 1905, namun ditolak. Pada tahun 1915 ditambahkan sejumlah tawanan perang Polandia (berasal dari Polandia, Prusia dan Austria), sehingga tidak menutup kemungkinan masyarakat Katolik dapat membangun gerejanya. Mereka membeli tanah di jalan Makhmud Kochgari yang sekarang. Gereja Neo-Gotik dibangun oleh arsitek Nelle - dan selesai pada tahun 1916. Gereja tersebut ditutup oleh otoritas Republik Sosialis Soviet Uzbekistan pada tahun 1930; untuk memasang sekolah.
Pada tahun 1995, atas prakarsa Pastor Ivan Rolloff, komunitas Katolik di kota tersebut memperoleh izin untuk mendaftarkan secara resmi dan memulihkan bangunan tersebut pada tahun 1997. Setelah pekerjaan restorasi, gereja tersebut diresmikan pada tanggal 27 Maret 1999.
Saat ini komunitas tersebut dijalankan oleh seorang pastor Polandia, Pastor Luciano Szymanski dibantu oleh bruder lelaki dari Biara Fransiskan Polandia.
