Pada tanggal 22 Mei 1398 kapitel dari Biara Honau, yang telah berada di Rhinau sejak tahun 1290, dipindahkan ke Santo Petrus Tua karena banjir di Rhinau. Kapitel ini tinggal di sana sampai tahun 1529, memimpin kebaktiannya di bagian paduan suara, sementara paroki menempati bagian tengahnya. Ketika ritus Katolik dipulihkan pada tahun 1683, kapitel tersebut kembali ke gereja ini dan tinggal di sana sampai tahun 1790, ketika ritus tersebut ditutup.[2][3]
Pada tanggal 20 Februari 1529, ketika Strasbourg secara terbuka bergabung dengan Reformasi dan menghentikan praktik Misa, gereja tersebut menjadi Lutheran.[4]Martin Bucer dan para reformator Strasbourg lainnya telah berkampanye selama beberapa tahun untuk mengadakan kebaktian Protestan di semua gereja di Strasbourg, tetapi pada tahun 1525 dewan kota memutuskan untuk mempertahankan misa di beberapa gereja, termasuk Santo Petrus Tua.
Pada tahun 1535, dalam konteks Reformasi, sebuah sekolah Latin, atau 'Sekolah Menengah' dibuka di Santo Petrus Tua.[5]
Pada tahun 1683, dua tahun setelah aneksasi Strasbourg oleh Prancis, Louis XIV memerintahkan agar bagian dari gereja ini dikembalikan kepada umat Katolik dan tembok dibangun di dalam gereja dengan layar, untuk membatasi kebaktian Protestan di bagian tengah. Baru pada tahun 2012, pintu di tembok pembatas ini dibuka.[6]
^10 place Saint Pierre Le Vieux. Archi-Strasbourg. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2013-11-12. Diakses tanggal 2013-11-12.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)