PKN mempunyai sekitar 2.000 jemaat dengan keanggotaan sekitar 1.944.000, atau sekitar 12% dari seluruh penduduk Belanda. Setelah Gereja Katolik Roma, PKN adalah gereja kedua terbesar di Belanda. PKN mempunyai empat jenis jemaat:k
Jemaat-jemaat Protestan yang merupakan jemaat lokal dari berbagai sinode gereja yang telah menyatu.
Jemaat-jemaat Reformasi Belanda
Gereja-gereja Reformasi (jemaat-jemaat dari bekas Gereja-gereja Reformasi di Belanda)
Jemaat-jemaat Lutheran (jemaat-jemaat dari bekas Gereja Lutheran Injili)
Jemaat-jemaat Lutheran memiliki kekhususan karena mereka berada dalam federasi dalam sebuah Sinode Lutheran yang terpisah, yakni sebuah sinode otonom di dalam PKN. Sinode Lutheran juga mengirim utusan-utusannya ke Sinode PKN.
Jemaat-jemaat yang menolak penggabungan
Beberapa jemaat dan anggota dari Gereja Reformasi Belanda tidak setuju dengan penggabungan ini dan karenanya telah memisahkan diri. Mereka mengorganisir diri dalam "Gereja Reformasi Pemulihan", "Hersteld Hervormde Kerk" (HHK). Keanggotaan mereka diperkirakan antara 35.000 hingga 70.000 yang tersebar di sekitar 120 jemaat lokal. Mereka tidak setuju dengan konstitusi plural dari gereja yang menyatu yang, menurut mereka, mengandung hal-hal yang bertentangan dengan pengakuan-pengakuan iman Reformasi dan Lutheran. Kelompok ini juga mengutuk pernikahan sejenis dan penahbisan pendeta perempuan.
Hanya jemaat-jemaat yang dulunya bagian dari Gereja-gereja Reformasi di Belanda yang mempunyai hak hukum untuk memisahkan diri dari PKN tanpa kehilangan properti dan gerejanya pada masa peralihan yang berlangsung selama 10 tahun. Sejauh ini lima jemaat telah memutuskan untuk membentuk "Voortgezette Gereformeerde Kerken in Nederland" (Kelanjutan Gereja-gereja Reformasi di Belanda) dengan sekitar 3.400 anggota. Dua jemaat bergabung salah satu dari gereja-gereja reformasi yang lebih kecil di Belanda. Beberapa kelompok minoritas yang bergabung dengan PKN memutuskan untuk keluar dari gereja dan bergabung secara individu dengan salah satu dari gereja-gereja reformasi lainnya.
PKN, sebagai sebuah gereja yang dapat disebut, setidak-tidaknya sampai batas tertentu, sebagai Gereja Negara, adalah sebuah denominasi yang mempunyai sayap liberal dan konservatif. Jemaat-jemaat setempat mempunyai kekuatan yang luas mengenai masalah-masalah "kontroversial" (seperti misalnya apakah perempuan dapat diterima sebagai anggota konsistori atau diterima dalam perjamuan kudus).
