Fransiskus dari Nagasaki adalah seorang martir Katolik Jepang. Ia berasal dari Miyako, Iwate, Jepang. Ia adalah seorang dokter dan pengkhotbah. Setelah ia dan isterinya dibaptis, mereka tinggal di dekat biara OFM. Mereka merawat orang-orang sakit tanpa memungut bayaran dan membawa mereka kepada Kristus.
Pada tahun 1597, seorang penguasa Jepang yang amat berpengaruh, Hideyoshi, mendengar hasutan seorang pedagang Spanyol. Pedagang itu membisikkan bahwa para misionaris adalah pengkhianat bangsa Jepang. Ia menambahkan bahwa para pengkhianat itu akan mengakibatkan Jepang dikuasai oleh Spanyol dan Portugis. Hasutan itu tidak benar dan tidak masuk akal. Tetapi, Hideyoshi menanggapinya dengan berlebihan, sehingga ia menangkap Fransiskus dan dua puluh lima orang yang dianggapnya sebagai para pengkhianat. Mereka yang ditangkap terdiri dari enam orang biarawan Fransiskan dari Spanyol, Meksiko dan India; tiga orang katekis Yesuit Jepang, dan tujuh belas Katolik awam Jepang, termasuk anak-anak.
Pada tanggal 5 Februari 1597 Fransiskus bersama dua puluh lima orang martir dibawa ke tempat pelaksanaan hukuman mati di luar kota Nagasaki. Dengan diikat, mereka disuruh berjalan dengan berbaris sehingga mereka menjadi tontonan dan menjadi pelajaran bagi masyarakat yang menyaksikannya. Sepanjang perjalanan, saksi-saksi Kristus ini terus melagukan Te Deum.
Mereka diikat pada salib masing-masing dengan rantai dan tali, lalu belenggu besi dipasang di sekeliling leher mereka. Masing-masing salib kemudian dikerek dan kaki salib ditancapkan ke sebuah lubang yang telah digali. Tombak lalu ditikamkan pada masing-masing orang dan mereka tewas di saat yang hampir bersamaan.[1]