Dia menikah dengan Manfredi dari Sisilia pada tanggal 2 Juni 1259, setelah kematian istri pertamanya Beatrice dari Savoia pada tahun 1257 dan naik takhta pada tanggal 10 Agustus 1258. D. J. Geanakoplos mencatat bahwa pernikahan ini mengejutkan, mengingat ayahanda Manfredi Friedrich II telah bersekutu dengan Ioannis III Vatatzes, penguasa terakhir Kekaisaran Nicea, tetapi "seseorang harus mempertimbangkan bahwa penaklukan Kekaisaran Bizantium telah menjadi tujuan Norman tradisional selama hampir satu abad, dan bahwa Manfredi sekarang dalam posisi yang cukup kuat di Italia untuk membuang aliansi ayahandanya dan untuk mencari mereka yang bisa membantunya dalam ambisinya untuk dominasi Balkan."[2] Beberapa rincian tentang bagaimana pernikahan ini diatur telah datang kepada kita. "Ini akan menarik," Geanakoplos mengamati, "untuk mengetahui siapa yang mengambil inisiatif untuk mempromosikan aliansi pernikahan; apakah pernikahan Manfredi mendahului pernikahan Guillaume dari Akhaya dengan Anna, putri lain Mikhael II; dan, yang paling penting, apakah kepemilikan Epirote Manfredi diamankan dari Mikhael II sebenarnya sebagai hasil dari penaklukan atau sebagai mahar."[3]
Manfred telah menangkap Durrës dan daerah sekitarnya dalam dua tahun berikutnya. Mikhael II masih memiliki gugatan teritorial di kota itu tetapi pada saat itu sedang bersiap untuk mengepung Thessaloniki. Mahar Eleni termasuk semua hak untuk Durrës dan daerah sekitarnya bersama dengan pulau Kerkyra. Kerkyra adalah satu-satunya perolehan teritorial yang jelas bagi Manfredi.
Penjara
Manfredi terbunuh di Pertempuran Benevento pada tanggal 26 Februari 1266 ketika bertempur melawan saingan dan penggantinya Carlo I dari Sisilia. Carlo menangkap Eleni dan memenjarakannya. Dia hidup lima tahun kemudian di penangkaran ke kastel Nocera Inferiore di mana dia meninggal pada tahun 1271.
