Reruntuhan ini didirikan pada abad ke-7 dan diperluas pada abad ke-10. Kebakaran besar menghancurkan biara ini pada tahun 1184, tetapi kemudian dibangun kembali dan pada abad ke-14 merupakan salah satu biara terkaya dan terkuat di Inggris. Biara ini juga menguasai tanah yang luas dan berperan penting dalam proyek drainase di Somerset. Biara Glastonbury dihancurkan selama Pembubaran Biara-Biara yang dilancarkan oleh Raja Henry VIII dari Inggris, dan kepala biara terakhir, Richard Whiting (Whyting), digantung sebagai pengkhianat di Glastonbury Tor pada tahun 1539.
Dari abad ke-12, wilayah Glastonbury sudah dikaitkan dengan legenda Raja Arthur, karena wilayah tersebut diklaim sebagai Avalon. Legenda Kekristenan juga mengklaim bahwa biara ini didirikan oleh Yusuf dari Arimatea pada abad ke-1.
