* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 21.37, 15 Maret 2024 (UTC) ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 19.09, 21 Maret 2024 (UTC)
Šeško bergabung ke Red Bull Salzburg saat berumur 16 tahun pada 2019 dari Domžale. Ia kemudian dipinjamkan ke tim cadangan klub tersebut FC Liefering selama dua musim, dengan berhasil mencetak 22 gol dari 44 penampilan pada 2. Liga Austria. Ia tampil perdana untuk tim utama Red Bull Salzburg pada Januari 2021 serta berhasil meraih tiga gelar juara Bundesliga Austria dan satu gelar juara Piala Austria bersama klub tersebut.
Šeško tampil untuk tim nasional junior Slovenia sejak kelompok umur U-15 hingga U-19, sebelum bergabung dengan timnas senior Slovenia pada Juni 2021, saat berumur 18 tahun 1 hari. Ia mencetak gol perdana untuk Slovenia pada Oktober 2021, yang menjadikannya pencetak gol termuda timnas Slovenia.
^"Benjamin Šeško" (dalam bahasa Jerman). RB Leipzig. Diarsipkan dari versi asli tanggal 6 Maret 2024. Diakses tanggal 6 March 2024.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^ ab"Benjamin Šeško". EU-Football.info (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 22 Maret 2024.