Aquarius dibangun di Victoria, Texas, pada tahun 1986, operasi bawah air pertama kali dimulai di Kepulauan Virgin Amerika Serikat. Setelah Badai Hugo pada tahun 1989, Aquarius dibawa ke NURC untuk diperbaiki dan digosok kembali dan diatur kembali di Florida Keys pada tahun 1992. Aquarius terletak pada kedalaman 20 m (64 kaki) di dasar bukit karang di Florida Keys National Marine Sanctuary, tempat yang ideal untuk kesehatan bukit karang yang sensitif. Habitat ini menampung 4 ilmuwan dan 2 teknisi untuk misi rata-rata 10 hari. Para ilmuwan di Aquarius sering disebut aquanaut.
Kembali ke permukaan air memakan waktu 17 jam agar para pekerja tak menderita penyakit dekompresi. Beberapa misi di Aquarius telah ditunda akibat serangan badai.
