新疆生产建设兵团第三师四十六团是中华人民共和国新疆生产建设兵团第三师下辖的一个团[1],与新疆维吾尔自治区图木舒克市永兴镇实行“团镇合一”的管理体制。
新疆生产建设兵团第三师四十六团下辖以下单位:
团部、一连、二连、四连、五连、六连、七连和八连。