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Clustal
CLUSTAL
開發者
Des Higgins
Fabian Sievers
David Dineen
Andreas Wilm (全为
都柏林大学
康维研究所员工)
当前版本
1.2.2 (2016年7月1日
,8年前
(
2016-07-01
)
)
编程语言
C++
操作系统
UNIX
、
Linux
、
MacOS
、
Microsoft Windows
、
FreeBSD
、
Debian
类型
生物信息学工具
许可协议
GNU General Public License
, version 2
[
1
]
网站
www
.clustal
.org
/omega
/
Clustal
是一类用于
多重序列比對
的
生物信息学
计算机程序
[
2
]
。
版本
Clustal软件有如下几个版本:
Clustal
:最早的版本,由
Des Higgins
在1988年发表
[
3
]
ClustalV
:Clustal的第二个版本,1992年发布
[
4
]
ClustalW
:Clustal的第三个版本,1994年发布
[
3
]
ClustalX
:Clustal的第四个版本,1997年发布
[
5
]
参考资料
^
See file COPYING, in source archive
[1]
(
页面存档备份
,存于
互联网档案馆
). Accessed 2014-01-15.
^
Chenna R; Sugawara H; Koike T; Lopez R;
Gibson TJ
;
Higgins DG
; Thompson JD.
Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs
. Nucleic Acids Research. July 2003,
31
(13): 3497–500.
PMC 168907
.
PMID 12824352
.
doi:10.1093/nar/gkg500
.
^
3.0
3.1
Higgins DG, Sharp PM. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene. December 1988,
73
(1): 237–44.
PMID 3243435
.
doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7
.
^
Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences. April 1992,
8
(2): 189–91.
PMID 1591615
.
doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189
.
^
Thompson JD;
Gibson TJ
; Plewniak F; Jeanmougin F; Higgins DG.
The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools
. Nucleic Acids Research. December 1997,
25
(24): 4876–82.
PMC 147148
.
PMID 9396791
.
doi:10.1093/nar/25.24.4876
.
外部链接
Clustal Homepage
(
页面存档备份
,存于
互联网档案馆
) (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
Clustal Omega mirror at the EBI
(
页面存档备份
,存于
互联网档案馆
)
查
论
编
生物信息学
数据库
测序数据库:
GenBank
、
European Nucleotide Archive
(
英语
:
European Nucleotide Archive
)
、
日本DNA数据库
(DDBJ)
辅助数据库:
UniProt
, database of protein sequences grouping together
Swiss-Prot
,
TrEMBL
和
蛋白质信息资源
(
英语
:
Protein Information Resource
)
其它数据库:
蛋白質資料庫
,
Ensembl
, 和
InterPro
(
英语
:
InterPro
)
专项基因组数据库:
酵母基因组数据库
(
英语
:
Saccharomyces Genome Database
)
、
FlyBase
(
英语
:
FlyBase
)
、
VectorBase
(
英语
:
VectorBase
)
、
PomBase
、
WormBase
(
英语
:
WormBase
)
、
PHI-base
(
英语
:
PHI-base
)
、
拟南芥信息资源
(
英语
:
The Arabidopsis Information Resource
)
与
斑马鱼信息网
(
英语
:
Zebrafish Information Network
)
软件
BLAST
Bowtie
Clustal
EMBOSS
(
英语
:
EMBOSS
)
HMMER
(
英语
:
HMMER
)
MUSCLE
SAMtools
(
英语
:
SAMtools
)
TopHat
(
英语
:
TopHat (bioinformatics)
)
其它
服务器:
ExPASy
(
英语
:
ExPASy
)
本体论:
基因本体
机构
欧洲生物信息研究所
(EMBL-EBI)
欧洲分子生物学实验室
(EMBL)
美国国家生物技术信息中心
(NCBI)
瑞士生物信息学研究所
(
英语
:
Swiss Institute of Bioinformatics
)
日本
國立遺傳學研究所
博德研究所
(
英语
:
Broad Institute
)
维康桑格研究所
斯克里普斯研究所
(TSRI)
文件格式
FASTA格式
FASTQ格式
斯德哥尔摩格式
(
英语
:
Stockholm format
)
有关议题
计算生物学
分子系统发生学
测序
序列比對
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